近年来，科技部认真贯彻党中央、国务院关于支持新疆发展的要求，积极为新疆的发展和建设作贡献，2008年8月27日，组织召开第一次全国科技支疆工作会议，对支疆工作进行动员和部署。各地企业、大学、科研院所与新疆开展多种形式的合作和对口支援，在多方面的共同努力下，科技支疆的各项工作取得了显著的成效。
    一是突破一批关键技术，促进新疆优势资源转换和生态环境建设。如新疆一系列大型有色、贵重金属和钾盐矿床的发现，塔里木油气勘查、油气开发和西气东输，国家优质商品棉基地建设等，加速了优势资源的转换；又如塔里木盆436公里沙漠公路防护林生态工程以及准噶尔盆地大规模沙害防治和无灌溉生态恢复技术试验示范，对新疆的重点工程建设和生态脆弱区环境改善发挥了保障重要作用。
    二是通过先进适用技术的应用和推广改善了民生。如玛纳斯县与江苏澳洋科技公司合作，开发优质棉短绒资源，带动当地4万户棉农增收1亿多元；新疆屯河公司与中国农业大学合作，选育适于深加工的番茄优良品种，带动10万农户增收1.5亿元；又如中科院植物所在伊犁开展香料植物优质高效栽培和加工技术集成示范，兵团与上海海洋大学建立的“联合水产良种场”，都为发展特色农产品和增加农民收入做出了贡献。
    三是实施智力援疆，提升新疆科技创新能力。如2007年自治区承担的7个国家科技支撑计划项目中，有278名内地科研人员参加研究开发，占总人数的50%以上；兵团与内地的20多个机构也建立了紧密的合作关系。这些合作带动了新疆研究队伍科研能力的提升。又如自治区和兵团近年已建成15个区级重点实验室、13个区级工程技术研究中心，有8个已进入国家工程技术研究中心或国家重点实验室培养基地的行列。
    四是形成了全国科技系统协力支持新疆发展的良好局面。目前，新疆已建立与28个省区市和10个计划单列市科技合作联席会议制度。与中国科学院、中国农科院、北京大学、四川大学、中国农业大学等签订了长期合作协议。上海、广东、江苏、江西、四川、湖南等省市在科技计划中对科技支疆项目予以支持，上海、天津、广东等省市在新疆建立了科技合作基地。