2004年7月21日，科技部与安徽省人民政府建立部省工作会商机制，并于2004年到2009年，连续五次举行工作会商会议，明确在共创奇瑞名牌、合肥创新试点市建设和加强县市科技工作等方面加强部省联动，提高了安徽的自主创新能力。
    一是创造了奇瑞品牌。当奇瑞公司发展最困难的时候，科技部与安徽省通过会商机制决定共同支持奇瑞创民族品牌，在项目、人才、基地建设等方面给予有力的支持，使奇瑞成为全国企业自主创新的一面旗帜。奇瑞公司连续六年轿车出口居全国第一，并于2009年获得了国家科技进步奖技术创新引导工程唯一的一等奖。温家宝总理等国家领导多次肯定科技创新对奇瑞汽车发展的重大贡献。
    二是推动合肥创新试点市建设。合肥初步走出了一条符合科学发展观、以新型工业化为主导的城市化发展路子，城市综合实力显著提升。2005-2008年，在全国省会城市中，合肥市GDP总量从第18位上升到第15位，规模以上工业增加值从第17位上升到第13位，地方财政收入从第18位上升到第13位。
    三是“一把手科技工程”成效显著。如海螺集团的水泥余热发电技术与装备，已成为一个新的经济增长点；淮南矿业集团的“矿井深部开采安全保障技术”在行业内产生了广泛影响，国家煤矿安全监察局和中国煤炭协会已在全行业推广。丰原集团的“生物质液体燃料项目”已开发出高活力的纤维素酶，正在建设千万吨/年玉米秸秆乙醇中试装置。