2008年5月12日，我国发生了震惊世界的汶川特大地震。为了研究地震发震机理，提高地震监测和预报能力，国家汶川地震专家委员会呈报了“关于实施‘中国主要地震断裂带科学钻探计划——汶川地震断裂带科学钻探一期工程（WFSD）’建议书”，温家宝总理、李克强副总理等国务院领导在建议书上作了重要批示。科技部、国土资源部和中国地震局高度重视，科技部迅速组织立项，国土资源部会同中国地震局负责项目实施，在中国地质调查局组建汶川地震科学钻探工程中心，承担项目的具体实施任务；在四川省郫县建立了汶川地震断裂带科学钻探实验室；在都江堰市虹口乡八角庙钻井场建立了现场实验室，为来自国土资源部、中国地震局、教育部及中国科学院等各方面的100多名专家，搭建一个多学科交叉、多专业协作的研究平台。许志琴院士任项目首席科学家。
    项目的科学目标旨在汶川大地震的源区——龙门山“北川-映秀”断裂及龙门山前缘“安县-灌县”断裂上，利用4年时间实施４口深1000-3000米科学群钻。项目采用一系列先进的观测和分析手段，开展地质构造、地震地质、岩石力学、化学物理、地震物理、流体作用和流变学等多学科研究。通过对岩心、岩屑和流（气）体样品的分析、测试和研究，揭示汶川地震断裂带的深部物质组成、结构和构造属性；恢复地震过程中的岩石物理和化学行为以及能量状态与破裂演化过程，深化认识汶川地震发生的应力环境、地下流体在地震过程中的作用和揭示汶川地震断裂带的发震机理，同时为未来地震的监测、预报或预警提供最基本的数据。
    自2008年11月6日开钻以来，该项目已经完成了1号孔（完钻孔深1201.15米）和3号孔先导孔（完钻孔深551.54米）的钻进任务，其中，3号孔先导孔是根据钻探现场情况新增的钻孔。截止2009年底，2号孔钻进孔深为620米，3号孔钻进深度为72米。通过钻探，获得了探索地震机制极为珍贵的、高质量的岩心；在地学研究方面开展了破裂面地质调查、岩心编录、各种测试、长期监测与试验工作，建立了多种地学剖面，确定了汶川特大地震主滑动面的确切位置，发现了流体异常与余震有关，提出了龙门山彭灌杂岩为推覆体的新观点；项目学术交流和国际合作十分活跃，研究成果引起了国际地学界的关注，提升了我国在地震科学研究领域的国际地位，培养了科学钻探和地学研究的人才和优秀团队。
    汶川地震科学钻探项目在极重灾区的崇山峻岭中进行施工，项目组的全体科技人员冒着余震的危险，受到滑坡、山洪、泥石流、崩塌落石等地质灾害的威胁，道路条件、井场条件、现场研究试验、办公和生活条件等都非常艰苦，他们怀着强烈的社会责任感和科学探索的无畏精神，克服重重困难，为探究地震发震机理、提高地震监测和预报能力而不懈努力。如，2009年7月17日，一二号孔所处的都江堰市虹口乡一带突遇特大暴雨，暴雨诱发一二号孔附近的沟谷爆发大型泥石流，对井场造成重大影响和破坏，一号孔井场基础被部分冲毁，二号孔旁的河道被泥石流淤塞填平，井场漫水，参与项目施工和测试单位的部分机具、仪器、材料被冲毁或掩埋，项目钻进施工、研究和测试工作受到严重影响，所幸没有人员伤亡；项目组工作人员积极进行了现场自救，尽量减少损失和影响。通过对进入井场道路的泥石流堆积物进行清理，修复通往井场的道路，项目组很快继续投入科学钻探工作。
    2009年8月17日，李克强副总理在中国地质科学院视察工作时，专门听取了汶川地震断裂带科学钻探项目首席科学家许志琴院士的汇报，对取得的成果给予积极的肯定和高度评价，激励地质科学工作者努力取得更好、更多一流科技成果，为地震研究做出贡献。

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