党的十八届三中全会以来，科技部、财政部在各自的职责范围内，分别开展了科技管理信息系统和科技报告系统建设、科技计划联通部署、指导有关部门开展内部科技专项初步优化整合等改革试点。特别是2014年国务院11号文件颁布后，在国务院领导同志的直接推动下，在大气污染治理科技支撑工作中探索建立了跨部门的统筹协调机制。这些改革试点在聚焦重点任务、促进科技资源优化配置、加强项目查重等方面已经发挥出积极作用，为全面开展科技计划管理改革工作奠定了基础。
    自今年年中按照中央部署开展《方案》制定工作以来，科技部、财政部建立联合工作机制，密切配合，开展工作。一是摸清家底，确定优化整合范围。对中央财政支持科技创新的计划、专项、基金进行了全面梳理，本次改革针对所有实行公开竞争方式的中央财政科技计划（专项、基金等），根本目的就是通过深化体制机制改革，使有限的中央财政民口科研经费更加聚焦国家战略目标，集中力量办大事。二是坚持问题导向，系统梳理当前存在的问题。主要是顶层设计、统筹协调、分类资助方式不够完善，现有各类科技计划（专项、基金等）存在着重复、分散、封闭、低效等现象，多头申报项目、资源配置“碎片化”问题突出。三是总结国内成功经验，借鉴国际有益做法。当前全球科技革命和产业变革日益兴起，世界各主要国家都在调整完善科技创新战略和政策。科技部、财政部认真梳理分析当前我国科技计划布局和管理现状，全面总结科技计划管理的成功经验，同时学习借鉴发达国家的科技计划体系设置和科研管理模式。综合国内、国际行之有效的做法，探索建立具有中国特色的科技计划（专项、基金等）管理体制，研究提出改革思路和举措。四是征求意见，修改完善。通过召开座谈会，听取有关部门（单位）和专家意见，书面征求了50个部门（单位）的意见，反复协商形成《方案》稿。