2009年科技工作的主要目标是：全社会研发经费支出相当于生产总值比例在2.80%以上；高新技术产业产值占规模以上工业产值比例提高1个百分点；专利申请量11000件；软件产业销售收入力争实现600亿元；技术合同成交金额达58亿元以上。
    2009年科技工作的总体思路是：围绕市委市政府中心工作，紧抓一个“契机”（创建国家科技体制综合改革试点市），力求两个“确保”（确保高新产业较快发展，确保软件产业快速增长），实现三个“突破”（产学研结合实现突破，民生科技实现突破，科技服务业实现突破），做到四个“力争”（力争一批国家、省部级项目落户南京，力争《南京市知识产权发展战略纲要》早日出台，力争科技交流合作取得新实效，力争第五届软博会再上新台阶）。
    具体主要抓好以下几项工作：
    一是抓科技体制机制创新。以启动国家科技体制综合改革试点城市为科技工作的主线，力争从科技资源集聚配置、企业自主创新能力培育、产学研合作机制创新、多元化科技投融资体系建立、科技人才激励机制完善、科技创新保障机制健全等方面推进南京科技体制机制的改革创新。
    二是抓软件名城建设提速。实施“聚焦战略”。聚焦企业，大力培育超10亿元软件大企业，实施南瑞集团电力自动化技术中心、磐能高科技产业园、国电南自浦口科技园区、莱斯研发生产基地等一批重点项目建设，在电力自动化、通信、智能交通三个领域打造南京软件“龙头板块”。聚焦载体，重点扶持雨花软件产业基地发展，通过规划引导、政策扶持和协调服务，推进华为研发大楼、润和软件外包园、南京对日软件外包联络处、三江学院软件人才实训基地等项目建设，在通信软件、软件服务外包等领域形成明显的竞争优势，以雨花基地建设带动软件产业“两园多基地”大发展。聚焦人才，新增软件从业人员2万人以上，根据软件产业规模和需求不断优化软件人才的层次结构，构筑软件人才高地。开展“春雨行动”。从软件创业载体、创业种子资金、软件技术研发、软件测试评估、软件教育培训等方面建立服务制度，充分利用全市企业和科技创业服务中心的存量资源大力建设软件创业孵化载体，促进各类人才在宁创业，鼓励高校教师和学生结合教学、科研与产业进行创业尝试，形成“千军万马”的软件创业群体。明年新增软件企业200家左右。强化政策支撑。出台实施《中国软件名城建设三年提速工作意见》，形成集成度更高、扶持力度更大的软件产业发展政策体系。扩大内需市场：启动、推进“数字南京”、无线宽带城市、中国无线谷等重大信息化工程建设，实施新一轮制造业信息化“5511”工程，为软件产业提供市场空间。拓展融资渠道。尽快形成软件产业创业投资政府促进机制和市场运行机制，成立软件企业贷款担保基金，鼓励金融机构创新融资模式，吸引风投资金、私募资金，开展非上市企业产权交易，缓解软件企业融资难题。创新工作机制。强化区县一把手抓软件产业的目标责任制，营造发展软件产业的浓厚氛围。办好重大活动。9月上旬举办第五届软博会暨国际知识产权交流大会，把南京软博会打造成国际知名、国内最好的软件博览会品牌。
    三是抓重大项目推进。争取一批国家重大专项支持。抓住国家扩大内需的新一轮发展机遇，重点围绕轨道交通、无线通信、卫星通信、电力自动化、软件、新材料、新能源、生态环保、先进制造技术、医药、食品等重点技术发展领域排出的重大专项，积极主动争取国家重大专项支持，力争得到更多的资金支持。对接一批科技合作产业化项目。推进与中关村、北大、中科院的战略合作，争取中科院在南京设立研发中心或分支机构5家、两年对接重大科技成果产业化项目20项、与南京企业开展科技合作项目100项以上。加强国际合作大项目、软博会签约大项目的跟踪落实。推进一批科技重大项目建设。积极争取一批国家、省部级项目落户南京。推进与启迪公司合作的清华科技园项目，与中科院合作的宽带无线通信研发中心项目、风电合作项目、高效能源动力产业技术中心项目，与北大、香港科技大学合作的北科产学研基地项目，与中关村合作的国际服务外包产业园项目，与央视合作的央视动画南方产业园等新签约项目建设。二季度挂牌成立“中国科学院南京高技术研发与产业化中心”，力争每年促成不少于20项产学研合作项目，每年组织不少于2次“企业进院所”和“院所进企业”产学研对接活动。
    四是抓载体平台建设。加强园区建设。抓好高新技术产业“一区多园”和软件产业“两园多基地”建设，建设南京科技广场、中国无线谷、南京药谷、农业硅谷等一批国际水平的创新中心和产业化基地，形成特色明显、适度集中的产业化发展格局。加强孵化器建设。拓展孵化空间，推动孵化器升级，支持现有综合孵化器建设成特色化专业服务平台，扶持科技型中小企业做大做强。加强公共服务平台建设。引导、激励和促进创新资源集聚、共享，增强企业技术创新能力。
    五是抓知识产权工作。尽快发布实施《南京市知识产权发展战略纲要》，抓紧建设完善南京国家专利技术展示交易中心，并充分利用国家专利技术展示交易中心资源，开展专利展示交易活动；加快培育专利技术交易的市场服务体系。同时积极配合立法部门加快《南京市专利保护与促进条例》立法进程，争取条例早日出台。
    六是抓成果转化利用。充分利用“五长”合作平台，逐步推动“五长”联合由单一的项目对接，向共建中心转变，向技术入股转变，向资产重组转变，向市场融资转变，显著提升企业的技术创新能力，促进企业结构优化。
    七是抓企业技术创新。促进企业建立创新和管理机制，加大研发投入，与高校、科研院所建立研发合作关系、共建研发机构。建立健全企业技术研究开发机构。组建南京工业技术研究院，向企业提供技术转移和技术升级服务。建立一批产学研技术创新战略联盟。建立军民合作技术创新体系。实施扶持自主创新的政府采购政策。